作者： Cai, Mengying;Wen, Yafeng;Uchiyama, Kentaro;Onuma, Yunosuke;Tsumura, Yoshihiko*

期刊： Forests,2020年11(11):1-16 ISSN：1999-4907

通讯作者： Tsumura, Yoshihiko

作者机构： [Onuma, Yunosuke; Cai, Mengying] Univ Tsukuba, Grad Sch Life & Environm Sci, Tsukuba, Ibaraki 3058572, Japan.;[Wen, Yafeng] Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Landscape & Architecture, Changsha 410004, Peoples R China.;[Uchiyama, Kentaro] Forestry & Forest Prod Res Inst, Dept Forest Mol Genet & Biotechnol, Tsukuba, Ibaraki 3058687, Japan.;[Tsumura, Yoshihiko] Univ Tsukuba, Fac Life & Environm Sci, Tsukuba, Ibaraki 3058572, Japan.

通讯机构： [Tsumura, Yoshihiko] U;Univ Tsukuba, Fac Life & Environm Sci, Tsukuba, Ibaraki 3058572, Japan.

关键词： Ancient tree;Conservation;Cryptomeria japonica var. sinensis;Demographic history;Genetic diversity;Population structure;RAD-seq;SNP

摘要： Research highlights: Our study is the first to explore the genetic composition of ancient Cryptomeria trees across a distribution range in China. Background and objectives: Cryptomeria japonica var. sinensis is a native forest species of China; it is widely planted in the south of the country to create forests and for wood production. Unlike Cryptomeria in Japan, genetic Chinese Cryptomeria has seldom been studied, although there is ample evidence of its great ecological and economic value. Materials and methods: Because of overcutting, natural populations are rare in the wild. In this study, we investigated seven ancient tree populations to explore the genetic composition of Chinese Cryptomeria through ddRAD-seq technology. Results: The results reveal a lower genetic variation but higher genetic differentiation (Ho = 0.143, FST = 0.1204) than Japanese Cryptomeria (Ho = 0.245, FST = 0.0455). The 86% within-population variation is based on an analysis of molecular variance (AMOVA). Significant excess heterozygosity was detected in three populations and some outlier loci were found; these were considered to be the consequence of selection or chance. Structure analysis and dendrogram construction divided the seven ancient tree populations into four groups corresponding to the geographical provinces in which the populations are located, but there was no obvious correlation between genetic distance and geographic distance. A demographic history analysis conducted by a Stairway Plot showed that the effective population size of Chinese Cryptomeria had experienced a continuing decline from the mid-Pleistocene to the present. Our findings suggest that the strong genetic drift caused by climate fluctuation and intense anthropogenic disturbance together contributed to the current low diversity and structure. Considering the species’ unfavorable conservation status, strategies are urgently required to preserve the remaining genetic resources. © 2020 by the authors. Licensee MDPI, Basel, Switzerland.

语种： 英文

作者： 张原;李鑫玉;文亚峰;武星彤;王敏求;...

期刊： 中南林业科技大学学报,2020年40(6):105-110,131 ISSN：1673-923X

作者机构： 中南林业科技大学 风景园林学院,湖南 长沙 410004;[闫亚丹; 谢宛余; 文亚峰; 李鑫玉; 张原; 王敏求; 武星彤] 中南林业科技大学

关键词： 南方红豆杉;叶绿体非编码区序列;遗传变异;天然林群体;人工干扰群体;南岭山地

摘要： 【目的】南岭山地的南方红豆杉资源丰富,分布集中,群体类型多样,是研究不同干扰群体遗传变异的理想材料。本研究对南岭山地南方红豆杉群体的遗传变异水平进行探究,比较其天然林群体和人工干扰群体的遗传差异,揭示人类活动对植物群体遗传变异的影响,为制定南岭山地南方红豆杉遗传保护策略提供科学依据。 【方法】本研究基于叶绿体基因组标记方法,利用4个非编码区序列分析南岭山地南方红豆杉的遗传变异模式,比较不同干扰程度群体(天然林和人工干扰林)的遗传变异特征及其遗传分化。【结果】在种的水平,8个南方红豆杉群体中共检测出4个单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.552,核苷酸多样性(Pi)为0.000 23。基因遗传分化系数分别为NST=0.190,GST =0.158,且NST (0.190)大于GST (0.158)(P < 0.01)。不同干扰程度群体遗传变异检测结果表明,天然林群体中检测到4个单倍型,包含2个私有单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.603,核苷酸多样性(Pi)为0.000 27;而人工干扰群体仅检测到2个共享单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.508,核苷酸多样性(Pi)为0.000 20。【结论】南岭山地的南方红豆杉群体存在明显的谱系地理结构,分子方差分析(AMOVA)结果显示遗传变异主要来自群体内,遗传分化高。天然林群体的遗传多样性高于人工干扰群体,天然林和人工干扰林两组群间存在明显的遗传变异。研究结果可为南岭山地南方红豆杉资源的保护和可持续利用提供参考。

语种： 中文

作者： 李霞;王利宝;文亚峰;林军;武星彤;...

期刊： 林业科学,2020年56(11):53-61 ISSN：1001-7488

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院;广西国有东门林场;中南林业科技大学林学院;[林军] 广东省乐昌市龙山林场;[李鑫玉; 文亚峰; 张原; 王利宝; 王敏求; 袁美灵; 武星彤; 李霞] 中南林业科技大学

关键词： 杉木;育种群体;遗传多样性;微卫星标记

摘要： 【目的】解析杉木不同世代育种群体的遗传多样性及其变化规律,检测育种群体的遗传结构及其基因流,为我国杉木长期育种和人工林可持续高效经营提供科学依据。【方法】利用核基因组和叶绿体基因组微卫星标记方法,对湖南攸县和广东乐昌2个国家级杉木良种基地的不同世代育种群体,共520份育种材料进行检测分析,比较2个基地育种群体的遗传多样性水平和群体遗传结构特征,分析不同世代育种群体的遗传多样性变化规律。【结果】核基因组SSR检测结果表明,杉木育种材料的总体遗传多样性为0.687,攸县和乐昌良种基地的育种群体都具有较高的遗传多样性,期望杂合度分别达到了0.678和0.667。随着育种进程的推进,2个基地高世代育种群体的遗传多样性均逐步降低,平均等位基因数从9.612(F 1)减少到8.750(F 2),乐昌组群F 3具有最小的等位基因数6.833;世代间期望杂合度的减少幅度小于6.46%。叶绿体基因组SSR检测结果显示,2个基地不同世代育种群体的遗传多样性变化趋势略有差异,随着育种进程的推进,攸县组群的遗传多样性逐渐增大,而乐昌组群呈先降后升的趋势。核基因组和叶绿体基因组SSR检测结果的差异既与不同基因组的进化模式有关,也与2个基地育种群体的数量和来源有较大关系。【结论】2个杉木良种基地育种群体保持了较高的遗传多样性水平。随着育种进程的推进,高世代育种群体的遗传多样性有逐步降低的趋势,世代间遗传多样性的减少幅度小于6.46%,表明我国杉木高世代育种策略和方法是科学有效的。

语种： 中文

作者： Wu, Xingtong;Ruhsam, Markus;Wen, Yafeng*;Thomas, Philip*;Worth, James R. P.;...

期刊： FORESTRY,2020年93(3):359-375 ISSN：0015-752X

通讯作者： Wen, Yafeng;Thomas, Philip

作者机构： [Lin, Xueying; Chen, Lu; Wang, Minqiu; Li, Xinyu; Wu, Xingtong; Wen, Yafeng] Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Landscape Architecture, 498 South Shaoshan Rd, Changsha 410004, Hunan, Peoples R China.;[Thomas, Philip; Ruhsam, Markus] Royal Bot Garden Edinburgh, 20A Inverleith Row, Edinburgh EH3 5LR, Midlothian, Scotland.;[Worth, James R. P.] Forestry & Forest Prod Res Inst, 1 Matsunosato, Tsukuba, Ibaraki 3058687, Japan.;[Lamxay, Vichith] Natl Univ Lao PDR, Fac Sci, Dept Biol, Dongdok Campus,POB 7322, Viangchan, Laos.;[Nam Le Canh] Forest Sci Inst Cent Highland & South Cent Viet N, 09 Hung Vuong, Da Lat 670000, Lam Dong, Vietnam.

通讯机构： [Wen, Yafeng] C;[Thomas, Philip] R;Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Landscape Architecture, 498 South Shaoshan Rd, Changsha 410004, Hunan, Peoples R China.;Royal Bot Garden Edinburgh, 20A Inverleith Row, Edinburgh EH3 5LR, Midlothian, Scotland.

摘要： Glyptostrobus pensilis (Staunt.) Koch is a relict species in the Cupressaceae that previously had a global distribution but is now restricted to Southern China and two disjunct populations along the Annamite ranges in Laos and Vietnam. Using nuclear and chloroplast microsatellite markers (cpSSR and nSSR, respectively), we investigated the genetic diversity and divergence within and between 14 populations representing the entire range. Nuclear EST-SSR markers revealed low genetic diversity (He = 0.272) within populations and strong genetic differentiation (FST = 0.452) among populations. Populations in Laos, which represent the last primary forests of G. pensilis, contain the highest genetic diversity and are of particular conservation importance. The geographic cpSSR variation is consistent with the results from the nSSR analysis. Prolonged geographical isolation is likely to be the main reason for regional genetic patterns. Climatic changes during the Holocene, coupled with anthropogenic impacts, have further reduced its distribution and population size. The clear genetic structure suggests that at least, two refugia existed at different latitudes in Southeast Asia. Preserving and expanding its remaining habitat and increasing population sizes are likely to be the most important measures for the conservation of this species. © Institute of Chartered Foresters, 2019. All rights reserved. For Permissions, please e-mail: journals.permissions@oup.com.

语种： 英文

作者： 王敏求;武星彤;王利宝;文亚峰

期刊： 分子植物育种,2019年17(19):6269-6275 ISSN：1672-416X

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院, 长沙, 410004;中南林业科技大学林学院, 长沙, 410004;[文亚峰; 王利宝; 王敏求; 武星彤] 中南林业科技大学

关键词： 基因流;父本分析;SSR标记;南方红豆杉

摘要： 为探索基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,本研究筛选了10个高多态性EST-SSR位点,对3个南方红豆杉群体进行了遗传变异和父本分析.根据群体间遗传分化系数计算历史基因流,利用父本分析结果估测雄性繁殖贡献率、有效花粉传播距离等现实基因流参数.结果 显示:10对EST-SSR引物共检测到80个等位基因,南方红豆杉群体的期望杂合度为0.785,群体间遗传分化系数为0.188,历史基因流为1.080.种群内亲代群体间、子代群体间基因流分别为1.140和0.923,亲子代群体间的固定指数存在显著差异.父本分析结果表明,3个自然授粉群体的雄性繁殖贡献率分别为37.50％、84.00％和18.91％,有效花粉传播距离为10.00～25.00 m,花粉传播无明显固定模式.南方红豆杉群体遗传多样性较高,群体间遗传分化显著.随着繁殖世代的升高,群体间基因流有逐渐降低的趋势.人为干扰、生境片段化和种群隔离等因素是引起基因流变化的主要原因.南方红豆杉保护实践中应注意防范基因流减少引起的遗传结构变化和遗传多样性降低风险.通过对自然授粉状态下南方红豆杉群体历史基因流和现实基因流的比较分析,了解基因流的模式、时空变化规律及其对群体遗传结构的影响,为南方红豆杉(Taxus chinensis var.mairei)种群保护提供科学依据.

语种： 中文

作者： 袁美灵;文亚峰;武星彤;李鑫玉;王敏求;...

期刊： 四川林业科技,2019年40(5):91-95 ISSN：1003-5508

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院,湖南长沙,410004;日本筑波大学生命环境科学研究科,日本筑波305-8577;[蔡梦颖] 筑波大学;[李鑫玉; 文亚峰; 张原; 王敏求; 袁美灵; 武星彤; 李霞] 中南林业科技大学

关键词： 柳杉;种质资源;遗传变异;遗传育种;综述

摘要： 柳杉是东亚地区重要的用材林树种,包括柳杉（Cryptomeria fortunei）和日本柳杉（Cryptomeria japonica）两个种。本文结合国内外柳杉遗传资源及其研究现状,对其资源分布与特征,遗传变异及遗传育种研究进行述评。提出当前柳杉研究中存在的问题,就其今后研究重点进行展望。对我国柳杉资源保护和育种研究具有重要的参考价值。

语种： 中文

作者： 武星彤;陈璐;王敏求;张原;李鑫玉;...

期刊： 植物遗传资源学报,2019年20(5):1325-1333 ISSN：1672-1810

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院;[周宏] 广东省韶关市野生动植物保护办公室;[林雪莹; 文亚峰; 李鑫玉; 张原; 王敏求; 武星彤; 陈璐] 中南林业科技大学

关键词： 丹霞梧桐;转录组;多态性

摘要： 以丹霞梧桐转录组序列为基础,开发丹霞梧桐EST-SSR标记位点,并利用其对丹霞梧桐群体进行遗传多样性分析,评价丹霞梧桐群体的遗传多样性水平,为丹霞梧桐的合理利用和保护提供依据。应用Primer 3.0、Gen Al Ex6.3、FSTAT和MS-tools等软件进行引物设计和相关遗传参数分析。17858个SSR位点分布于79920个unigene序列,SSR位点密度为1/4.78 kb。SSR重复基序中,三核苷酸(43.64%)为优势核苷酸,其次为四核苷酸(23.52%)和二核苷酸(15.54%)。三核苷酸和二核苷酸优势重复基序分别为AAG/CTT和AG/CT。以16个样本为材料,从设计的73对引物中共筛选出16对多态性EST-SSR引物,多态性信息含量(PIC)的平均值为0.546,所开发位点具有较高的多态性。主成分分析(PCA)表明,这些位点具有很好地鉴别不同地区样本,甚至单株的能力。3个群体的遗传多样性参数对比结果表明,丹霞梧桐群体具有中等程度的遗传多样性,其期望杂合度(He)的变化范围为0.550~0.605。地质、历史气候变化及人为干扰等因素可能是造成丹霞梧桐群体偏离哈代-温伯格平衡的主要原因。本研究所开发的EST-SSR多态性位点可为丹霞梧桐遗传结构分析和分子辅助育种等相关研究奠定良好基础。

语种： 中文

作者： 张雨朦;文亚峰;沈守云;张旻桓

期刊： 科技创新导报,2019年16(22):225-227,229 ISSN：1674-098X

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院 湖南长沙 410004;[张旻桓; 沈守云; 文亚峰; 张雨朦] 中南林业科技大学

关键词： 风景园林;校企合作;卓越人才;培养模式

摘要： "卓越工程师教育培养计划"的实施,对于促进高等教育面向社会需求培养人才,全面提高人才培养质量具有十分重要的示范和引导作用。校企合作是培养高技能创新人才的最有效途径,本文以中南林业科技大学特色专业风景园林为例,就校企合作人才培养过程中的关键问题,如培养方案的制定、实习实践、人才队伍建设、资源共享、创新创业等开展研究与实践,构建校企长效合作人才培养模式,取得了较好效果。对其他工程教育类专业校企协同培养卓越人才具有重要参考作用。

语种： 中文

作者： 李霞;文亚峰;武星彤;王敏求;李鑫玉;...

期刊： 湖南林业科技,2019年46(6):100-105 ISSN：1003-5710

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院,湖南长沙,410004;[李鑫玉; 文亚峰; 张原; 袁美灵; 王敏求; 武星彤; 李霞] 中南林业科技大学

关键词： 杉木;分子遗传学;分子标记;遗传多样性;综述

摘要： 杉木是我国南方重要的商品用材林树种,具有速生、丰产、木材经济价值高等优良特性。与其它用材林树种(马尾松、杨树、桉树等)比较,杉木的研究工作主要集中于地理分布、种源试验、优良家系(无性系)选育及人工林培育等方面,其分子遗传学研究相对滞后,基础薄弱。本文从分子标记的开发、遗传多样性、QTL定位、分子标记辅助选择育种及转录组学分析等方面对杉木分子遗传学研究现状及其进展进行评述,并对其研究前景进行了展望。

语种： 中文

作者： Wu, Xingtong;Wang, Libao;Zhang, Donglin;Wen, Yafeng*

期刊： Journal of Forest Research,2019年24(4):230-234 ISSN：1341-6979

通讯作者： Wen, Yafeng

作者机构： [Wu, Xingtong; Wen, Yafeng] Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Landscape Architecture, Changsha 410004, Hunan, Peoples R China;[Wang, Libao] Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Forestry, Changsha, Hunan, Peoples R China;[Zhang, Donglin] Univ Georgia, Coll Agr & Environm Sci, Athens, GA 30602 USA

通讯机构： [Wen, Yafeng] C;Cent South Univ Forestry & Technol, Coll Landscape Architecture, Changsha 410004, Hunan, Peoples R China.

关键词： DNA sequences;Forestry;Genes;Value engineering;Hardy-Weinberg deviation;Maire yew;Microsatellite markers;Null alleles;population genetic;Population statistics;allele;genetic analysis;genetic differentiation;genetic marker;heterozygosity;population genetics;shrub;Alleles;Data;Equilibrium;Forestry;Genes;Primers;Set;Taxus;Taxus;Taxus wallichiana var. mairei

摘要： Microsatellite markers are widely used in population genetic analyses. However, the common occurrence of null alleles and their effect on population parameters such as observed heterozygosity, genetic differentiation coefficient, etc., needs to be addressed. Two microsatellite data sets based on original and redesigned primers were used to assess the effect of null alleles on population genetic analyses of Maire yew (Taxus chinensis var. mairei). When amplified with the original primer set, both loci exhibited the presence of null alleles. Four populations significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium due to heterozygote deficiencies. Once the null alleles were eliminated using new primers, almost all populations were in Hardy-Weinberg equilibrium. Average observed heterozygosity values (He) increased from He=0.197 to He=0.497 while the fixation index (FIS) decreased from FIS=0.566 to FIS=−0.060.Genetic differentiation (FST) between populations was more pronounced using the new set of primers (FST=0.221) compared to the original one (FST=0.150). When the original data were corrected for the presence of null alleles using the ENA method, global FST was still biased compared to the actual results estimated by the new primer set. Our empirical study on Maire yew populations suggests that null alleles can alter the results of population genetic analyses significantly. This suggests that re-designing new primers or increasing the number of markers may eliminate the effect of the null alleles. © 2019, © 2019 The Japanese Forest Society.

语种： 英文

作者： 武星彤;陈璐;王敏求;张原;林雪莹;...

期刊： 生物多样性,2018年26(11):1168-1179 ISSN：1005-0094

通讯作者： Wen, Y.

作者机构： [张原; Lin X.; 武星彤; 文亚峰; 王敏求; 陈璐; 林雪莹] Central South University of Forestry and Technology, Changsha, 410004, China;[周宏] Wildlife Conservation Office of Shaoguan, Shaoguan, Guangdong 512000, China

通讯机构： [Wen, Y.] C;Central South University of Forestry and TechnologyChina

关键词： 群体遗传结构;遗传分化;遗传多样性;近似贝叶斯算法;微卫星标记;丹霞梧桐

摘要： 丹霞梧桐(Firmiana danxiaensis)是分布于我国韶关地区北部丹霞地貌的特有物种, 其分布范围狭窄, 种群数量小。本文利用EST-SSR分子标记位点, 分析丹霞梧桐群体(丹霞山组群和南雄组群)的遗传多样性和遗传结构, 研究群体的分化历史, 探讨该物种的可能分布和科学保护策略。结果表明: 丹霞梧桐总的遗传多样性中等(Ht = 0.631), 群体内遗传多样性较高(Hs = 0.546), 遗传变异主要存在于群体内(79.66%), 但不同地理组群间存在显著的遗传分化(FST = 0.150)。长期地理隔离和现代人为干扰是形成丹霞梧桐当前遗传变异模式的主要原因。STRUCTURE分析可将研究群体划分为清晰的两个基因库(gene pool), 其遗传结构与系统发育地理格局之间有密切关系。丹霞梧桐不同地理群体经历了独立的进化路线, 但丹霞山群体的杂合性高, 遗传背景更为复杂。近似贝叶斯运算法(Approximate Bayesian Computation, ABC)分析表明, 丹霞山和南雄地理群体在10万年前由同一个祖先群体分化而来, 分化时有效群体大小分别为7,290和5,550。结合丹霞梧桐的遗传变异和生态位信息, 可推测丹霞梧桐曾广泛分布于南岭地区, 受第四纪第三次亚冰期的影响, 南岭北部的丹霞梧桐群体因气候剧烈变化而灭绝, 仅在南岭南部适宜的环境中得以保存并繁衍至今, 丹霞山和南雄是丹霞梧桐最主要的两个冰期避难所。在全面掌握丹霞梧桐的自然分布, 开展就地保护的基础上, 通过建立种质资源圃、人工种苗扩繁、自然回归试验等措施, 对于该物种的异地保护、种群恢复和开发利用具有重要意义。

语种： 中文

作者： 武星彤;文亚峰

期刊： 经济林研究,2017年35(2):228-232 ISSN：1003-8981

作者机构： [文亚峰] 中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室,湖南长沙410004;[文亚峰] 中南林业科技大学经济林培育与保护省部共建教育部重点实验室,湖南长沙410004;[文亚峰] 中南林业科技大学风景园林学院,湖南长沙410004;[武星彤] 中南林业科技大学

关键词： 南方红豆杉;分子遗传学;分子标记;遗传多样性;综述

摘要： 南方红豆杉是我国珍稀濒危保护树种，其树体所含的紫杉醇是目前最好的天然抗癌药物之一。与其他针叶树种相比，有关南方红豆杉分子遗传学的研究相对滞后。为给南方红豆杉种群保护和育种研究提供参考依据，文中就南方红豆杉分子标记的开发、种质资源收集与分子评价、遗传多样性和种群保护、紫杉醇合成基因的克隆与功能分析、转录组学等5个方面的研究进展进行了综述，提出了相关分子遗传学研究中存在的问题，并对其研究前景进行了展望。

语种： 中文

作者： 谢伟东;文亚峰;韩文军;周宏;徐刚标;...

期刊： 园艺学报,2016年43(2):373-383 ISSN：0513-353X

通讯作者： Wen, Y.-F.

作者机构： [陈建华; 韩文军; 徐刚标] College of Forestry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha, 410004, China;College of Forestry, Guangxi University, Nanning, 530004, China;[文亚峰] College of Landscape Architecture, Central South University of Forestry and Technology, Changsha, 410004, China;[周宏] Forestry Bureau of Shaoguan, Guangdong Province, Shaoguan, Guangdong, 512000, China;[谢伟东] College of Forestry, Central South University of Forestry and Technology, Changsha, 410004, China, College of Forestry, Guangxi University, Nanning, 530004, China

通讯机构： [Wen, Y.-F.] C;College of Landscape Architecture, China

关键词： 南方红豆杉;微卫星标记;等位基因;序列变异;基因突变

摘要： 以南方红豆杉（Taxus chinensis var.mairei）的4个微卫星位点为例,通过等位基因长度和序列变异分析,对各位点等位基因的变异特点、变异来源和进化关系进行研究。结果表明：这4个位点在南方红豆杉种内表现出丰富而复杂的变异特点,既有SSR重复区突变形成的等位基因,也有因侧翼序列插入/缺失（Indel）形成的等位基因,还存在同一长度形态的同形异源等位基因（allelic homoplasy）,同时,在1个mt SSR位点中检测到了线粒体基因的异质性（heteroplasmy）。SSR重复序列和侧翼序列突变的共同作用是引起等位基因长度异常的主要原因。等位基因分布及其进化关系研究表明,4个位点的序列突变更符合逐步突变模型（SMM）,常见等位基因在进化上具有原始性。

语种： 中文

作者： 邢文;文亚峰

期刊： 现代农业科技,2016年(17):293-294 ISSN：1007-5739

作者机构： 中南林业科技大学风景园林学院,湖南长沙,410004;[亚峰; 邢文] 中南林业科技大学

关键词： 园林植物遗传育种;实验课程;教学模式;改革措施

摘要： 对园林植物遗传育种实验教学中存在的问题及教学模式改革措施等进行了简述,通过实践,收到了良好的教学效果,同时该体系也可以为其他院校的园林植物遗传育种学实验教学提供相关参考。

语种： 中文

作者： 文亚峰;韩文军;周宏;徐刚标

期刊： 林业科学,2015年51(11):40-49 ISSN：1001-7488

作者机构： [文亚峰] 中南林业科技大学风景园林学院;[韩文军; 徐刚标] 中南林业科技大学林学院;[周宏] 广东省韶关市林业局

关键词： 杉木;微卫星标记;转录组;序列从头拼接

摘要： 【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession: SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMiB软件批量挖掘SSR位点; 利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1个以上SSR位点,复合型SSR数量为118个,SSR平均分布密度为68.4个/Mb。不同SSR重复单元(motif)中,三核苷酸SSR重复单元数量最多,占总数的41.7%。批量引物设计得到1 582个有效位点的引物对,占SSR位点总数的73.4%。利用四色荧光标记通用引物多重PCR检测技术,对35个候选标记位点进行多态性检测,其中28个位点具有多态性,多态性位点比例达到80%,检测位点多态信息含量(PIC)平均值为0.573,表明所开发的EST-SSR位点具有很高的多态性。PCA分析结果表明,28个EST-SSR多态性位点具有很强的鉴别杉木不同地理种源,甚至同一种源不同单株的能力。【结论】将转录组SSRs挖掘和四色荧光标记通用引物多重PCR技术相结合,成功建立杉木EST-SSR高效开发流程和方法,得到较多高质量的EST-SSR标记位点,这些位点已用于后续杉木遗传多样性保护研究。与传统SSR标记位点开发技术相比较,转录组海量序列为高质量多态性位点的选择可提供充足的数据保证。四色荧光标记通用引物基因分型结果清晰、稳定可靠,不但试验成本仅为原来的10% ~ 15%,而且结合多重PCR扩增技术,可使试验效率提高5 ~ 6倍。新方法的建立和应用不仅能促进杉木分子遗传学相关研究,而且对其他非模式生物或新物种SSR标记开发也具有重要的参考作用。

语种： 中文