期刊论文

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林业科学

1001-7488

2015

51

11

40-49

10.11707/j.1001-7488.20151106

国家自然科学基金项目（30972357） 湖南省自然科学基金项目（10JJ2018）

本校为第一机构

【目的】为解决杉木SSR标记数量不足、已开发的位点多态性较差等问题,以杉木转录组测序数据为基础,结合多重PCR技术批量挖掘SSR,规模化开发EST-SSR位点,为杉木分子遗传学研究奠定良好基础。【方法】杉木转录组序列数据(Accession: SRX151872)从NCBI的SRA数据库下载。利用CLC和CMiB软件批量挖掘SSR位点; 利用四色荧光标记通用引物多重PCR(multiplex-PCR)技术实现SSR标记的规模化开发。【结果】杉木转录组de novo assembly序列拼接共得到35 633个contigs,总长度31.5 Mb,其中最小拼接长度155 bp,最大23 794 bp,平均长度884 bp。得到2 156个SSR位点,分布于1 822个contigs中,其中256个contigs中包含1...

【Objective】Chinese fir（ Cunninghamia lanceolata） is an important timber species distributed mainly in southern China. Current genetic analyses of this species lag behind other conifer species due to the limitation of available molecular markers. Accordingly,transcriptome sequence data were used to improve the efficiency of SSR development for the species. 【Method】Utilizing Chinese fir transcriptome sequences from the Sequence Read Archive（ SRA） database of NCBI. CLC and CMi B software were used to assemble sequence reads,to mine SSRs an...