期刊论文

SSR characteristics and construction of SSR-PCR reaction system in woody oil plant Sapindus saponaria

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中国油料作物学报

1007-9084

2024

46

1

72-83

10.19802/j.issn.1007-9084.2022215

2022PT1004:重大科技创新平台项目 XLK202101-1:湖南省林业科技计划项目 2019XK2002:省部共建木本油料资源利用国家重点实验室培育项目 2018TP1029:油脂分子构效湖南省重点实验室项目 XLKY202205:林业科技攻关与创新项目 CX202101017:中南林业科技大学研究生科技创新基金

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无患子(Sapindus saponaria L.)是集生物柴油、药用、生态等多种用途于一体的经济型木本油料.本研究利用MISA软件挖掘了无患子叶片转录组中的SSR,对搜索到的SSR进行了特征分析,构建并优化了无患子SSR-PCR反应体系.结果表明,无患子叶片转录组共有Unigene条数目为52460条,其中含有SSR的Unigene有7014条,共检索到8654个SSR.经统计,SSR丰富度从二至六核苷酸依次减少,依次有4327、2669、634、208、161个.SSR长度范围在12～250 bp之间,长度小于等于15 bp的有3619个,均为二和三核苷酸;长度大于15 bp的有5035个,以二、三核苷酸居多.所有SSR共有435种不同重复单元.SSR不同类型重复基元频次分布在4～30次之...

Sapindus saponaria L.is an economic tree species for biodiesel,medical,ecological and many other uses.In this study,MISA software was used to mine SSRs in transcriptome of S.saponaria.The SSRs characteristics were analyzed.SSR-PCR reaction system were constructed and optimized.Results showed 52460 unigenes in S.saponaria transcriptome.Among which 7014 unigenes contained SSRs,and a total of 8654 SSRs were discovered.SSR richness was decreased from dinucleotide to hexanucleotide.SSR length ranged from 12 to 250 bp.3619 SSRs had the length less th...