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柿属植物叶绿体蛋白质编码基因密码子用法

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成果类型:
会议论文
论文标题(英文):
Analysis on codon usage in the chloroplast protein-coding genes of Diospyros spp.
作者:
傅建敏;索玉静;刘慧敏;谭晓风
作者机构:
中南林业科技大学经济林育种与栽培国家林业局重点实验室,湖南长沙410004
国家林业局泡桐研究开发中心,河南郑州450003
中国林业科学研究院经济林研究开发中心,河南郑州450003
语种:
中文
关键词:
柿属植物;叶绿体;基因序列;密码子;使用偏好性
年:
2019
页码:
38-44
会议名称:
中国林学会经济林分会2016年学术年会
会议论文集名称:
中国林学会经济林分会2016年学术年会论文集
会议时间:
20161022
会议地点:
四川都江宴
会议赞助商:
中国林学会
机构署名:
本校为第一机构
摘要:
为给后续柿属植物叶绿体基因工程研究提供基础,利用codonW、CUSP、SPSS软件对5个柿属植物叶绿体基因组中的55条蛋白质编码基因序列进行密码子使用模式分析.结果显示,柿属植物叶绿体基因组密码子第3位碱基GC含量为26.9%~27.8%,有效密码子数在49.58~50.18之间,密码子偏好性较弱;柿叶绿体基因组不同位置的有效密码子数不同,取值范围为32.36~59.64;中性绘图分析和ENC-plot绘图分析结果表明,柿叶绿体基因组的密码子偏好性主要受选择的影响;通过高频密码子和高表达优越密码子分析相结合的方法,筛选出23个柿属植物最优密码子,且这些密码子主要以A和U碱基结尾.

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